Biblioteka formaliai pradėjo veikti 1923 m. sausio 1 d., bet jau ir iki tol ryškėjo leidinių komplektacijos užuomazgos, studentai turėjo galimybę naudotis kaupiamais rinkiniais. 1923–1944 m. bibliotekai vadovavo Vaclovas Biržiška.
Bibliotekos leidinių fondo apimties augimas, interesas kurti nacionalinę bibliografiją ir mėginimas tapti nedideliu tiriamuoju centru sietini būtent su V. Biržiškos asmenybe. Jo pastangomis prie bibliotekos veikė Bibliografijos institutas, bibliografavęs Lietuvoje leidžiamus leidinius.
Biblioteka palaikė mainų ryšius su pagrindinėmis pasaulio bibliotekomis bei supirkdavo ar dovanų gaudavo asmenines knygų ir rankraščių kolekcijas. Glaudūs ryšiai su užsienio akademiniais partneriais nenutrūko per visą gyvavimo laikotarpį – buvo siunčiami leidiniai į daugiau nei 100 pasaulio aukštųjų mokyklų ir kitų mokslo institucijų.
Per pirmąjį bibliotekos gyvavimo dešimtmetį kasmet knygų pagausėdavo maždaug 9 tūkst. tomų, per antrąjį – iki 15 tūkst. 1941 m. bibliotekoje (kartu su fakultetų bibliotekomis) buvo per 300 tūkst. knygų, apie 3000 žemėlapių, 13 tūkstančių laiškų ir kitos rankraštinės medžiagos. 1943 m. Bibliotekos leidinių fondas galėjo siekti apie 380 tūkst. tomų knygų.
Teologijos-filosofijos fakultetas buvo įsteigtas 1922 m. vasario 16 d. ir likviduotas 1940 m. liepos 16 d. Jame veikė teologijos ir filosofijos skyriai. Pirmasis rengė kunigus, antrasis – katalikiškos orientacijos mokytojus ir humanitarinio profilio specialistus.
Fakultete buvo vystomos pagrindinės katalikiškos teologijos šakos bei humanitariniai mokslai: filologija, literatūrologija, filosofija ir istorija. Teologijos skyrių iš viso baigė 362 kunigai, filosofijos skyrių – 188 absolventai.
Fakulteto pirmuoju dekanu buvo Maironis, bet po mėnesio atsistatydino. Po jo sekė vyskupas Pranciškus Petras Būčys (1922–1923 m. ir 1925–1926 m.), Blažiejus Čėsnys (1923–1925, 1926–1929 m. ir 1940 m. vasara), Pranas Kuraitis (1929–1937 m.) ir Petras Malakauskis (1937– 1940 m. m.). Vietoj jo 1941 m. rugpjūčio 1 d. buvo atkurtas Teologijos fakultetas, kuriame nebuvo pasauliečių ir jiems skirtų disciplinų. Jis iš universiteto sudėties formaliai pašalintas 1944 m. rugpjūčio 1 d. 1941–1944 m. laikotarpiu fakulteto dekanu buvo vyskupas Vincentas Brizgys.
Teologijos filosofijos fakultetas paliko ženklų pėdsaką Lietuvos Bažnyčios, kultūros ir mokslo istorijoje. 550 jį baigusių inteligentų savo darbais ir veikla inspiravo lietuvių katalikiškosios kultūros pokyčius, keitė tradiciškai liaudišką lietuviškos kultūros tėkmę bei padėjo pagrindus tolimesnėms daugelio kitų mokslo sričių studijoms.
Humanitarinių mokslų fakultetas buvo įsteigtas 1922 m. gegužės 29 d., išskiriant jį iš panaikinamo Sociologijos fakulteto. Daugiausiai dėmesio jame buvo skirta filologijos studijoms: lietuvių kalbotyrai, baltistikai, užsienio kalbų dėstymui, klasikinei filologijai. Fakultete užsimezgė ar subrendo akademinė lietuvių literatūrologija, istorija ir filosofija.
Kiek mažiau dėmesio buvo skirta menotyros, etnologijos, psichologijos ar archeologijos dėstytojų ir absolventų rengimui.
Šį fakultetą Kaune iš viso baigė 264 absolventai. Jam vadovavo du profesoriai – Mykolas Biržiška (1922–1925 m.) ir Vincas Krėvė-Mickevičius (1925–1939 m.). Fakultetas 1940 m. sausio 1 d. buvo perkeltas į Vilniaus universitetą.
Siekiant kompensuoti humanitarijos trūkumą universitete, 1940 m. rugpjūčio 1 d. buvo įsteigtas Filosofijos fakultetas, kuriame vietą rado visos humanitarinių mokslų šakos, bet nenuginčijamai ir toliau dominavo kalbų mokymas. Jo dekanais buvo Zenonas Ivinskis (1941–1942 m. m.) ir Antanas Maceina (1942–1944 m. m.).
Po 1944 m. vasaros dėl emigracijos sukeltų pasekmių jame beveik neliko dėstytojų ir jo vietoje buvo įsteigtas Istorijos-filologijos fakultetas, kuris 1949 m. buvo įlietas į tokį patį Vilniaus universiteto fakultetą. Šiuos Humanitarinių mokslų fakulteto reanimacinius pakaitalus iš viso baigė 14 absolventų.
Evangelikų teologijos fakultetas buvo pats mažiausias ir veikė tik 11 metų. Jo branduolys buvo suburtas 1925 m. rugsėjo mėn., tačiau pats fakultetas pradėjo veikti 1926 m. sausio mėn.
Evangelikų teologijos fakulteto įsteigimas buvo svarbus įvykis Lietuvos reformuotųjų bažnyčių gyvenime. Per 11 veiklos metų teologų diplomus gavo 32 studentai, o fakulteto mokslininkų akademinis įdirbis buvo ženklus ir reikšmingas.
Fakulteto pagrindinis tikslas buvo rengti evangelikų bažnyčioms dvasininkus. Studijų programa buvo parengta pagal klasikinius evangelikų teologijos fakultetų reikalavimus. Be tradicinių evangelikų studijoms dalykų, studentai klausė paskaitų ir Humanitarinių mokslų fakultete, kur buvo būtina išklausyti įvado į filosofiją, psichologijos, logikos, pedagogikos, filosofijos istorijos, lietuvių, lotynų, vokiečių bei latvių kalbų dalykus.
Fakultetas be išankstinio įspėjimo buvo uždarytas 1936 rugsėjo 15 d. Beveik visą laiką dekanu buvo Povilas Jakubėnas, tik 1927–1928 m. m. postą iš jo buvo perėmęs Vilhelmas Gaigalaitis.
Teisių fakultetas buvo įsteigtas 1922 m. rugpjūčio 16 d., išskiriant jį iš panaikinto Sociologijos fakulteto. Jame buvo vystomi teisės ir ekonomikos mokslai. Dėl didelio teisininkų poreikio teisininkų rengimas gožė ekonomistų rengimą.
Pagal studentų skaičių ketvirtajame dešimtmetyje šis fakultetas buvo didžiausias visame universitete. Teisių fakulteto populiarumą nulėmė praktiniai motyvai. Studentai galėjo studijuoti teisės ar ekonomikos mokslus ir kartu dirbti valstybės ar privačiose įstaigose. Tai buvo perspektyvu, įgytas teisės ir ekonomikos žinias iš karto galėjo pritaikyti praktikoje.
Iki 1940 m. teisininkų diplomai buvo įteikti 959 absolventams, ekonomistų – 215.
Fakultetui vadovavo Petras Leonas (1922–1933 m.), Vaclovas Biržiška (1933–1935 m.) ir Augustinas Janulaitis (1935–1939 m.). Fakultetas 1940 m. sausio 1 d. buvo perkeltas į Vilniaus universitetą.
Teisių fakultete dirbo Lietuvos teisininkų ir ekonomistų elitas, žibėjęs savo išsilavinimu, kompetencijomis, moralinėmis laikysenomis. Daugelis fakulteto mokslininkų ne tik angažavosi akademinėje veikloje, bet ir ėjo atsakingas pareigas įvairiose valstybės institucijose.
Matematikos-gamtos fakultetas buvo įsteigtas 1922 m. vasario 16 d. ir perkeltas į Vilniaus universitetą 1940 m. rugsėjo 1 d. Fakultetui priklausė Botanikos sodas, Gamtos tyrimų stotis – muziejus, specialiai jam skirti rūmai Aleksote.
Jame buvo rengiami matematikai (baigė 104), fizikai ir chemikai (51) bei biologai (99). Iš pradžių pradėti rengti ir miškininkai, bet po poros metų šios idėjos buvo atsisakyta. Fakultetas išsiskyrė vienvaldyte – dekanu visą laiką buvo Lietuvos fizikas, matematikas ir visuomenės veikėjas Zigmas Žemaitis.
Matematikos gamtos fakulteto profesūra paliko ryškų pėdsaką Universiteto mokslinės kūrybos raidoje. Matematikų dėmesys buvo sutelktas į diferencialinės geometrijos klausimų bei funkcijų teorijos nagrinėjimo problemas. Išskirtinės vertės buvo fakulteto mokslininkų parengti pirmieji lietuvių kalba parašyti ir aukštajai mokyklai skirti matematikos vadovėliai. Fakulteto gamtininkai taip pat išsiskyrė ryškia tiriamąja veikla.
1919 m. spalio 15 d. pradėję veikti privatūs medicinos kursai, kurie 1920 m. sausį buvo įlieti į Aukštuosius kursus, tradiciškai yra laikomi Medicinos fakulteto ištakomis. Tačiau formaliai fakultetas buvo įsteigtas 1922 m. vasario 16 d.
Medicinos studijos buvo labai paklausios, populiarios ir jas noriai rinkosi būsimi studentai. Šios aplinkybės lėmė tai, jog pirmąjį Universiteto veiklos dešimtmetį Medicinos fakultetas buvo didžiausias iš visų kitų.
Iki 1940 m. šiame fakultete buvo parengti 670 medikų, 158 farmacininkai, 381 odontologai. Taip pat čia studijas baigė ir 16 veterinarų. 1929 m. veterinarų rengimo studijos Medicinos fakultete buvo nutraukos.
Pokario laikotarpiu stebimas medikų rengimo šuolis – fakultete per dešimtmetį buvo parengti 1734 medikai.
Fakultetui vadovavo vienas pagrindinių jo organizatorių – gydytojas, visuomenės bei politinis veikėjas Petras Avižonis (1922–1923 m. m.), vienerių metų dekano kadencija, kaip garbės ženklas, buvo patikėta gydytojui Juozui Bagdonui. (1923–1924 m. m.). Po jo Fakulteto vadovo kėdėje ilgam įsitvirtino gydytojas Vladas Lašas (1924–1940 m. ir 1944–1946 m.). Vėliau vadovavimą perėmė gydytojai Jonas Šopauskas (1940–1941 m. m.), Juozas Meškauskas (1941–1944 m. m.), Blažiejus Abraitis (1946–1947 m. m.) ir Zigmas Januškevičius (1947–1950 m. m.).
Technikos fakultetas buvo įsteigtas 1922 m. vasario 16 d. Vientisą struktūrą išlaikė iki 1940 m. rugsėjo 1 d. Tuomet jis buvo padalintas ir suformuoti du nauji, Technologijos ir Statybos fakultetai. Po karo Technologijos ir Statybos fakultetų pagrindu buvo suformuoti dar keletas fakultetų.
Per savo veikimo laiką vientisame fakultete buvo parengta 300 įvairių sričių inžinierių. Fakulteto dekanais buvo Pranas Jodelė (1922–1927 m.), Kazimieras Vasiliauskas (1929–1933 ir 1937–1940 m.), Silvestras Grinkevičius (1933–1937 m.).
Technikos fakulteto veikla 1922–1940 metais turėjo didelės įtakos krašto ūkiui ir pramonei. Buvo parengti pirmieji inžinieriai, publikuoti pirmieji lietuviški technikos vadovėliai ir suformuoti technikos specialistų rengimo pagrindai. Fakulteto specialistai pradėjo įvairius gamtos turtų ir žaliavų tyrimų darbus.
Okupacinės valdžios taip pat investavo į praktines specialybes ir fakulteto įpėdinius, tad 1940–1950 m. juos baigė jau 663 inžinieriai.