Evangelikų teologijos fakultetas buvo pats mažiausias ir veikė tik 11 metų. Jo branduolys buvo suburtas 1925 m. rugsėjo mėn., tačiau pats fakultetas pradėjo veikti 1926 m. sausio mėn.
Evangelikų teologijos fakulteto įsteigimas buvo svarbus įvykis Lietuvos reformuotųjų bažnyčių gyvenime. Per 11 veiklos metų teologų diplomus gavo 32 studentai, o fakulteto mokslininkų akademinis įdirbis buvo ženklus ir reikšmingas.
Fakulteto pagrindinis tikslas buvo rengti evangelikų bažnyčioms dvasininkus. Studijų programa buvo parengta pagal klasikinius evangelikų teologijos fakultetų reikalavimus. Be tradicinių evangelikų studijoms dalykų, studentai klausė paskaitų ir Humanitarinių mokslų fakultete, kur buvo būtina išklausyti įvado į filosofiją, psichologijos, logikos, pedagogikos, filosofijos istorijos, lietuvių, lotynų, vokiečių bei latvių kalbų dalykus.
Fakultetas be išankstinio įspėjimo buvo uždarytas 1936 rugsėjo 15 d. Beveik visą laiką dekanu buvo Povilas Jakubėnas, tik 1927–1928 m. m. postą iš jo buvo perėmęs Vilhelmas Gaigalaitis.