1919 m. spalio 15 d. pradėję veikti privatūs medicinos kursai, kurie 1920 m. sausį buvo įlieti į Aukštuosius kursus, tradiciškai yra laikomi Medicinos fakulteto ištakomis. Tačiau formaliai fakultetas buvo įsteigtas 1922 m. vasario 16 d.
Medicinos studijos buvo labai paklausios, populiarios ir jas noriai rinkosi būsimi studentai. Šios aplinkybės lėmė tai, jog pirmąjį Universiteto veiklos dešimtmetį Medicinos fakultetas buvo didžiausias iš visų kitų.
Iki 1940 m. šiame fakultete buvo parengti 670 medikų, 158 farmacininkai, 381 odontologai. Taip pat čia studijas baigė ir 16 veterinarų. 1929 m. veterinarų rengimo studijos Medicinos fakultete buvo nutraukos.
Pokario laikotarpiu stebimas medikų rengimo šuolis – fakultete per dešimtmetį buvo parengti 1734 medikai.
Fakultetui vadovavo vienas pagrindinių jo organizatorių – gydytojas, visuomenės bei politinis veikėjas Petras Avižonis (1922–1923 m. m.), vienerių metų dekano kadencija, kaip garbės ženklas, buvo patikėta gydytojui Juozui Bagdonui. (1923–1924 m. m.). Po jo Fakulteto vadovo kėdėje ilgam įsitvirtino gydytojas Vladas Lašas (1924–1940 m. ir 1944–1946 m.). Vėliau vadovavimą perėmė gydytojai Jonas Šopauskas (1940–1941 m. m.), Juozas Meškauskas (1941–1944 m. m.), Blažiejus Abraitis (1946–1947 m. m.) ir Zigmas Januškevičius (1947–1950 m. m.).